После образования помезанского диоцеза Мариенвердер стал его столицей и резиденцией епископа, что обусловило интенсивное строительство и обустройство замка для выполнения новых для него функций. Город был окружен стенами и системой оборонительных сооружений. Как показывают исследования, тесных хозяйственных связей между городом и замком не существовало. Епископы жили обособлено, а хозяйственную функцию исполнял построенный средний замок. Высокий замок, вместе с резиденцией епископа был построен по типу четырехугольника, с внутренним двором, западным флигелем. Также ближе к берегу реки была построена санитарная башня (гданиско).
Собор, находящийся в центре высокого замка, был построен на месте приходской церкви, известной как упоминалось выше с первой трети XIIIвека. Работы по окончанию строительства были продолжены вплоть до второй половины XIVвека. Собор исполнял функцию, как места заседания капитула, так и места погребения верхушки Немецкого ордена (напр. магистр Вернер фон Орзельн).
Сегодня в соборе св. Марии производятся археологические раскопки, которые открывают нам все новые и новые свидетельства захоронений крестоносцев и сакрального строительства в государстве Немецкого ордена в Пруссии.